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第一，在肝微粒體、肝細胞體外代謝模型中，孵育時間需設置合理，這個合理是基于人體肝微粒體或者肝細胞穩定性的結果而設定的。如果體系孵育時間過長或過短，則可能引起代謝產物種類和量偏少或偏多，這對最終判定一個代謝產物的比例或結果起絕對性的一個作用。
第二，在體外和體內代謝產物鑒定試驗中，如有紫外檢測器和質譜檢測器數據，通常需要把兩者結合在一起分析，大部分情況下兩者的信號能夠匹配。但是紫外檢測器和質譜檢測器的特點不同，質譜檢測器相對而言靈敏度更高。而對一些含量相對比較低的代謝產物，紫外檢測器可能檢測不到。
第三，在代謝產物的結構、母核類似的情況下，代謝產物間的紫外強度數據可能比質譜檢測數據更可靠。
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