臨床用藥的目的是為了治療預防疾病，減輕病者的痛苦，一般把能夠達到上述目的的藥理效應稱為治療效應。治療效應的產生可以是用藥即時出現，也可以在幾周乃至數月出現，這與疾病的特點，藥物作用的機制和藥物的體內過程都有關。例如：對于癲癇持續狀態，靜脈注射安定常能很快顯效，但苯妥因鈉控制癲癇的發作則需幾個月甚至數年的堅持治療。遠期療效有時比近期療效更有價值，特別是壽命延長，死亡率下降是最好的參數指標。治療效應常常是治標治本兼顧的過程，如糖尿病，病因是胰島機能下降，補充外源性胰島素同時要糾正代謝紊亂。從近化醫學發展的觀點看：癥狀病因之間有時很難有明確界限。很多疾病都是全身性的代謝病或分子病等，影響到的組織器官是多種多樣的，臨床表現復雜多變，治療時必須全面考慮綜合分析。

2、藥物的不良反應
藥物作用也有不利的一面，造成生理生化功能紊亂，一般稱之為不良反應。不良反應常和治療效應伴同發生。不良反應又分為：
①副作用，即輕微的治療劑量下就發生的，一般危害小，是因為藥物選擇性低引起的。
②毒性反應，即較大劑量引起藥物過量反應，對機體有害。給藥后短時間內就發生的稱為急性毒性(acutetoxicity)。如：灰嬰綜合癥等。有些毒性反應發生可遲致數月，稱慢性毒性（chronictoxicity）。慢性毒性是藥物蓄積引起的，如藥物引起骨骼畸形等。有些藥物有致癌(carcinogenesis、致畸胎（teratogenesis）、致突變(mutagenesis)的作用，稱為慢性毒性中的特殊毒性。
③變態反應和特異質反應，大多數藥物的毒性作用是可以預知的，因為毒性作用一般是藥理作用的延伸，但是也有不少不良反應和不同人的過敏體質有關，或與其特殊的遺傳體質有關。很多藥物可以引起過敏反應。如：過敏性休克，過敏性皮炎，過敏性溶血性貧血。肝臟的損害也有過敏機制的存在。致敏物質有時是藥物本身。有時是其中的雜質，如果是雜質，說明該藥品質量有待提高，若是藥物本身，則該藥有可能被淘汰。很多生物來源的藥品常常會因過敏反應而通不過評審，特異質反應是特殊的遺傳體質導致病人對藥物反應程度的異常變化。
大多數藥物的主要不良反應是可逆的，但有些是不可逆的，其危害性或后果較嚴重，如氨基甙類引起的神經性耳聾，廣譜抗生素引起的菌群失調、二重感染，肼苯噠嗪引起的紅斑狼瘡，這些稱為藥源性疾病。這要求醫生用藥選藥慎重，在給藥期間要注意觀察。
④后遺效應（after effect）
⑤停藥反跳：長時間服用某種藥物治療疾病，在癥狀基本控制或臨床治愈后突然停藥，由此而造成疾病逆轉的現象稱做“停藥反跳”。盡管各種藥物產生“反跳”的原因不同，但其后果是一樣的，那就是疾病反復，癥狀加重，更加難治。如：降壓藥。
高血壓病人長期服用降壓藥進行治療，當血壓降至正常后，如果立即停藥，血壓可在短期內大幅度上升，甚至可超過治療前的血壓水平，出現頭暈、頭痛、視力模糊等高血壓危象癥狀，嚴重時可發生腦血管破裂。這是由于突然停藥，使中樞部位(腦力)的藥物濃度迅速下降，外周交感神經活動加強，使去甲腎上腺素釋放增加的結果。
⑥藥物耐受：藥物耐受性是指反復使用一種藥物后，身體對該藥物的反應降低，以致需要加大用藥量才能達到原先的作用。如安眠藥的反復使用易產生耐受性，安眠效果降低，需要加大用量才能產生原來的效果。吸煙也同樣的情況，第一次吸煙可能感到不太舒服，而多次吸煙后并無不適感覺。這種耐受性使初吸者一吸再吸，最后上癮，而且吸食量越來越大。
⑦藥物依賴：并非為了醫療需要而長期或反復應用某種藥物，結果產生精神上或軀體上的依賴性，以致持續地或周期地強烈渴望重復應用該種藥物。原稱藥癮。
產生藥物依賴的常見藥物包括鴉片類（嗎啡、海洛因、杜冷丁等）、苯丙胺、可卡因、印度大麻、巴比妥類（速可眠、阿米妥、戊巴比妥等）及其他安眠藥（導眠能、安眠酮）、抗焦慮藥（眠爾通、利眠寧、安定等）、鎮痛藥（阿斯匹林、非那西丁、氨基比林等）。
藥物依賴的臨床表現因藥物不同而不同，其共同特征是：①精神依賴。這是最主要的特征。為了追求用藥后精神上的某種特殊快感，或避免斷藥所產生的痛苦，對藥物的渴求成為強烈而不可抑制的欲望，因而不顧藥物對個人、家庭及社會的危害，不擇手段地獲得藥物。②軀體依賴。為避免停用已有依賴性的藥物所引起的軀體癥狀即停藥癥狀或戒斷癥狀，而必須應用該藥或與其藥理作用相似的藥物。戒斷癥狀輕重不一，輕者只感到全自不適，重者則可危及生命。③耐藥性。長期反復應用某種藥物致其效應減低，為得到用藥初期的同等效應，必須增加劑量，其劑量可達到通常劑量的幾倍甚至幾十倍，這樣大的劑量往往引起中毒。

3. 藥源性疾病
藥源性疾病是應用藥物不當所引起的疾病。常指損傷性、危害性較大又不易恢復的慢性毒性反應。如柯興氏綜合癥（長期大量應用糖皮質激素）。