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首先需要判斷化合物的極性：對于弱酸、弱堿及中性化合物，建議選擇硅膠基質的反向SPE板。這類SPE板適用于大多數小分子生物分析，例如Waters的HLB系列和Thermo Fisher的SOLA系列板。
對于強酸或強堿化合物，則需要考慮離子交換的SPE板。可以選擇Waters的四合一離子交換開發的板，如適用于堿性化合物的Oasis MCX陽離子交換板，適合酸性化合物的MAX陰離子交換板，適合強堿性或季銨類化合物的WCX弱陽離子交換板，以及適合強酸化合物的WAX弱陰離子交換板。
此外，選擇合適規格的板子也很重要，可以根據樣品的載量（如2毫克、10毫克或30毫克）進行選擇。
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